diff --git a/output/cropped/fig_2_dbs_1.svg b/output/cropped/fig_2_dbs_1.svg new file mode 100644 index 0000000..045ee0b --- /dev/null +++ b/output/cropped/fig_2_dbs_1.svg @@ -0,0 +1,13566 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + -4 + + + -3 + + + -2 + + + -1 + + + 0 + + + 1 + + + 2 + + + 3 + + + PCA feature 1 + + + + + + + + + + + + + + -1 + + + -0.5 + + + 0 + + + 0.5 + + + 1 + + + 1.5 + + + 2 + + + 2.5 + + + PCA feature 2 + + + Dataset #1 feature plot after clustering with DB-SCAN + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 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+ 1 + + + 2 + + + 3 + + + 4 + + + 5 + + + 6 + + + PCA feature 2 + + + Dataset #4 feature plot after clustering with DB-SCAN + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 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+ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 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+ 20 + + + 30 + + + 40 + + + 50 + + + 60 + + + 70 + + + Index of max value + + + + + + + + + + + + + 0 + + + 0.5 + + + 1 + + + 1.5 + + + 2 + + + 2.5 + + + 3 + + + Peak-to-peak amplitude + + + Dataset #2 feature plot + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 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amplitude + + + Dataset #4 feature plot + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 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+ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 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PCA feature 1 + + + + + + + + + + + + + + + + -3 + + + -2 + + + -1 + + + 0 + + + 1 + + + 2 + + + 3 + + + 4 + + + 5 + + + 6 + + + PCA feature 2 + + + Dataset #4 feature plot after clustering with hierarchical clustering + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 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0000000..c95eb32 --- /dev/null +++ b/output/fig_2_dbs_1.svg @@ -0,0 +1,13613 @@ + + +-4-3-2-10123PCA feature 1-1-0.500.511.522.5PCA feature 2Dataset #1 feature plot after clustering with DB-SCAN diff --git a/output/fig_2_dbs_2.svg b/output/fig_2_dbs_2.svg new file mode 100644 index 0000000..5d50013 --- /dev/null +++ b/output/fig_2_dbs_2.svg @@ -0,0 +1,12233 @@ + + +-4-3-2-10123PCA feature 1-2-101234PCA feature 2Dataset #2 feature plot after clustering with DB-SCAN diff --git a/output/fig_2_dbs_3.svg b/output/fig_2_dbs_3.svg new file mode 100644 index 0000000..f170b6f --- /dev/null +++ b/output/fig_2_dbs_3.svg @@ -0,0 +1,13219 @@ + + +-4-3-2-101234PCA feature 1-3-2-1012345PCA feature 2Dataset #3 feature plot after clustering with DB-SCAN diff --git a/output/fig_2_dbs_4.svg b/output/fig_2_dbs_4.svg new file mode 100644 index 0000000..90a2cfe --- /dev/null +++ b/output/fig_2_dbs_4.svg @@ -0,0 +1,12363 @@ + + +-5-4-3-2-1012345PCA feature 1-3-2-10123456PCA feature 2Dataset #4 feature plot after clustering with DB-SCAN diff --git a/output/fig_2_fp_a_1.svg b/output/fig_2_fp_a_1.svg new file mode 100644 index 0000000..a0a71ca --- /dev/null +++ b/output/fig_2_fp_a_1.svg @@ -0,0 +1,3571 @@ + + +10203040506070Index of max value00.511.522.53Peak-to-peak amplitudeDataset #1 feature plot diff --git a/output/fig_2_fp_a_2.svg b/output/fig_2_fp_a_2.svg new file mode 100644 index 0000000..ecd225c --- /dev/null +++ b/output/fig_2_fp_a_2.svg @@ -0,0 +1,3686 @@ + + +010203040506070Index of max value00.511.522.53Peak-to-peak amplitudeDataset #2 feature plot diff --git a/output/fig_2_fp_a_3.svg b/output/fig_2_fp_a_3.svg new file mode 100644 index 0000000..283dcfc --- /dev/null +++ b/output/fig_2_fp_a_3.svg @@ -0,0 +1,3576 @@ + + +010203040506070Index of max value00.511.522.53Peak-to-peak amplitudeDataset #3 feature plot diff --git a/output/fig_2_fp_a_4.svg b/output/fig_2_fp_a_4.svg new file mode 100644 index 0000000..5461f84 --- /dev/null +++ b/output/fig_2_fp_a_4.svg @@ -0,0 +1,3603 @@ + + +010203040506070Index of max value00.511.522.533.5Peak-to-peak amplitudeDataset #4 feature plot diff --git a/output/fig_2_fp_b_1.svg b/output/fig_2_fp_b_1.svg new file mode 100644 index 0000000..2702b7d --- /dev/null +++ b/output/fig_2_fp_b_1.svg @@ -0,0 +1,3576 @@ + + +-4-3-2-10123PCA feature 1-1-0.500.511.522.53PCA feature 2Dataset #1 feature plot diff --git a/output/fig_2_fp_b_2.svg b/output/fig_2_fp_b_2.svg new file mode 100644 index 0000000..cf8185b --- /dev/null +++ b/output/fig_2_fp_b_2.svg @@ -0,0 +1,3674 @@ + + +-4-3-2-10123PCA feature 1-2-101234PCA feature 2Dataset #2 feature plot diff --git a/output/fig_2_fp_b_3.svg b/output/fig_2_fp_b_3.svg new file mode 100644 index 0000000..68ca8b3 --- /dev/null +++ b/output/fig_2_fp_b_3.svg @@ -0,0 +1,3580 @@ + + +-4-3-2-101234PCA feature 1-3-2-1012345PCA feature 2Dataset #3 feature plot diff --git a/output/fig_2_fp_b_4.svg b/output/fig_2_fp_b_4.svg new file mode 100644 index 0000000..f957a18 --- /dev/null +++ b/output/fig_2_fp_b_4.svg @@ -0,0 +1,3618 @@ + + +-5-4-3-2-1012345PCA feature 1-3-2-10123456PCA feature 2Dataset #4 feature plot diff --git a/output/fig_2_hc_1.svg b/output/fig_2_hc_1.svg new file mode 100644 index 0000000..c8691c0 --- /dev/null +++ b/output/fig_2_hc_1.svg @@ -0,0 +1,13812 @@ + + +-4-3-2-10123PCA feature 1-1-0.500.511.522.53PCA feature 2Dataset #1 feature plot after clustering with hierarchical clustering diff --git a/output/fig_2_hc_2.svg b/output/fig_2_hc_2.svg new file mode 100644 index 0000000..1bfc76a --- /dev/null +++ b/output/fig_2_hc_2.svg @@ -0,0 +1,14240 @@ + + +-4-3-2-10123PCA feature 1-2-101234PCA feature 2Dataset #2 feature plot after clustering with hierarchical clustering diff --git a/output/fig_2_hc_3.svg b/output/fig_2_hc_3.svg new file mode 100644 index 0000000..3283374 --- /dev/null +++ b/output/fig_2_hc_3.svg @@ -0,0 +1,13816 @@ + + +-4-3-2-101234PCA feature 1-3-2-1012345PCA feature 2Dataset #3 feature plot after clustering with hierarchical clustering diff --git a/output/fig_2_hc_4.svg b/output/fig_2_hc_4.svg new file mode 100644 index 0000000..85049e6 --- /dev/null +++ b/output/fig_2_hc_4.svg @@ -0,0 +1,13920 @@ + + +-5-4-3-2-1012345PCA feature 1-3-2-10123456PCA feature 2Dataset #4 feature plot after clustering with hierarchical clustering diff --git a/output/fig_2_km_1.svg b/output/fig_2_km_1.svg new file mode 100644 index 0000000..6899619 --- /dev/null +++ b/output/fig_2_km_1.svg @@ -0,0 +1,13815 @@ + + +-4-3-2-10123PCA feature 1-1-0.500.511.522.53PCA feature 2Dataset #1 feature plot after clustering with K-Means diff --git a/output/fig_2_km_2.svg b/output/fig_2_km_2.svg new file mode 100644 index 0000000..bcab05c --- /dev/null +++ b/output/fig_2_km_2.svg @@ -0,0 +1,14243 @@ + + +-4-3-2-10123PCA feature 1-2-101234PCA feature 2Dataset #2 feature plot after clustering with K-Means diff --git a/output/fig_2_km_3.svg b/output/fig_2_km_3.svg new file mode 100644 index 0000000..eb637f6 --- /dev/null +++ b/output/fig_2_km_3.svg @@ -0,0 +1,13819 @@ + + +-4-3-2-101234PCA feature 1-3-2-1012345PCA feature 2Dataset #3 feature plot after clustering with K-Means diff --git a/output/fig_2_km_4.svg b/output/fig_2_km_4.svg new file mode 100644 index 0000000..bc3d70e --- /dev/null +++ b/output/fig_2_km_4.svg @@ -0,0 +1,13923 @@ + + +-5-4-3-2-1012345PCA feature 1-3-2-10123456PCA feature 2Dataset #4 feature plot after clustering with K-Means diff --git a/spike_sorting.m b/spike_sorting.m index 553ba0e..01798ed 100644 --- a/spike_sorting.m +++ b/spike_sorting.m @@ -147,7 +147,7 @@ for fileIndex=1:4 spikeStartIndex = sample; % Q.2.1 spikesTimesEst(numberOfSpikes) = spikeStartIndex; - + % skips cheking until values are below threshold again while sample <= length(data) sample = sample + 1; @@ -345,7 +345,6 @@ for fileIndex=1:4 kMeansClasses(kMeansClasses==2) = 7; kMeansClasses(kMeansClasses==3) = 2; kMeansClasses(kMeansClasses==7) = 3; - %kMeansClasses(kMeansClasses==7) = 3; elseif fileIndex == 4 kMeansClasses(kMeansClasses==3) = 7; kMeansClasses(kMeansClasses==2) = 3;